Zakład Histologii wchodzący, obok Zakładu Immunologii w skład Katedry Histologii i Immunologii powstał w roku 1945 jako Zakład Histologii i Embriologii Akademii Lekarskiej w Gdańsku. Twórcą Zakładu był Prof. dr hab. Stanisław Hiller, który do czasu wybuchu II Wojny Światowej kierował Katedrą i Zakładem Histologii i Embriologii Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu im. Stefana Batorego w Wilnie. Prof. Hiller rozpoczynał swoją karierę naukową na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie jako uczeń Prof. Emila Godlewskiego jr. Należał do najwybitniejszych histologów i embriologów polskich. Dwukrotnie, w latach 20. i 30. przebywał w Stanach Zjednoczonych AP jako stypendysta Fundacji Rockefelera, prowadząc badania w pracowniach Prof. Chambersa, pioniera badań na żywych komórkach przy użyciu opracowanej przez siebie metody mikrochirurgii. Prof. Hiller był jednym z pionierów histochemii w Polsce. Prof.S.Hiller kierował Zakładem do swojej śmierci w roku 1965. Jego następcą został docent dr hab. Stanisław Zawistowski, który doktoryzował i habilitował się w Zakładzie. Prof. zw. S. Zawistowski należał do pionierów nowoczesnej histochemii polskiej. Był autorem podręcznika histologii dla studentów medycyny, wznawianego kilkakrotnie. W roku 1989 przeszedł na emeryturę, przekazując kierownictwo Zakładu prof. dr hab. Andrzejowi Myśliwskiemu. W 2007 kierownikiem Zakładu Histologii został prof. dr hab. Zbigniew Kmieć. W ciągu blisko 60-letniej historii Zakładu przewinęło się, jako pracownicy naukowo-dydaktyczni i techniczni wiele osób. W tym czasie 5 osób uzyskało tytuł profesora, stopień doktora habilitowanego uzyskało 11 osób a doktoryzowało się 27 osób. W roku 1972 wyłoniony został z Zakładu zespół Samodzielnej Pracowni Embriologii, którego kierownikiem została doc. dr hab. Zofia Zegarska. Następna zmiana strukturalna to wydzielenie z Zakładu Histologii, w roku 1997 zespołu Zakładu Immunologii, który jednak pozostał we wspólnej z Zakładem Histologii Katedrze Histologii i Immunologii, pod kierunkiem prof. dr hab. Jolanty Myśliwskiej. Natomiast w roku 2003 z Zakładu Histologii wyłonił się zespół Zakładu Biologii Komórki wchodzący obecnie w skład Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii i kierowany przez, wywodzącego się z Zakładu Histologii, prof. dr hab. Jacka Bigdę. W październiku 2014 w struktury Katedry i Zakładu Histologii został włączony Zakład Mikroskopii Elektronowej. Aktualnie Zakład Histologii zatrudnia 2 profesorów tytularnych na stanowisku prof. zwyczajnego, 12 adiunktów w tym 4 doktorów habilitowanych, 9 doktorów, 1 asystenta, a także 5 pracowników technicznych, spośród których 2 posiada stopień doktora, 1 magistra. Dwie osoby odbywają Studia Doktoranckie. Szeregi pracowników zasila 2 pomocniczych pracowników obsługi.
Zakład Histologii dwukrotnie zmieniał siedzibę. Najpierw mieścił się w budynku przy al. Zwycięstwa, potem na terenie Państwowego Szpitala Klinicznego Nr 1 w budynku zajmowanym również przez Zakład Anatomii Patologicznej. Od roku 1976 zajmuje pierwsze piętro w skrzydle budynku “Collegium Biomedicum”, ul.Dębinki 1.