LABORATORIUM BADAŃ ZABURZEŃ METABOLICZNYCH
Katedra i Zakład Biochemii Farmaceutycznej GUMed
Wydział Farmaceutyczny

DZIAŁALNOŚĆ CORE FACILITY
Głównym celem działalności Laboratorium Badań Zaburzeń Metabolicznych (LBZM) jest wykonywanie badań z użyciem technik biologii molekularnej i zaawansowanych technik analitycznych w materiale klinicznym. LBZM powstało na bazie wieloletniego doświadczenia pracowników Katedry i Zakładu Biochemii Farmaceutycznej GUMed, jednostki Wydziału Farmaceutycznego, w badaniach prowadzonych we współpracy z wieloma klinikami Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego, a także innymi krajowymi i zagranicznymi jednostkami klinicznymi. Współpracujemy również ściśle z Katedrą i Zakładem Biochemii Wydziału lekarskiego GUMed i Zakładem Analizy Środowiska UG, gdzie zlokalizowana jest pracownia analityczna, w której wykonywane są badania w materiale klinicznym. Dzięki zastosowaniu zaawansowanych technik analitycznych takich jak spektrometria mas czy spektroskopia jądrowego rezonansu magnetycznego nasze badania pozwalają identyfikować zaawansowane zaburzenia metaboliczne. Z kolei badania z użyciem technik biologii molekularnej pozwalają poznać molekularne mechanizmy tych zaburzeń i identyfikować nowe, potencjalne strategie terapeutyczne lub diagnostyczne. Połączenie tych metod badawczych pozwala na lepsze zrozumienie podłoża chorób i ich skuteczniejsze leczenie. LBZM przede wszystkim skupia się na badaniu zaburzeń lipidowych, takich jak zaburzenia profilu kwasów tłuszczowych w różnych schorzeniach, takich jak otyłość patologiczna, choroby nowotworowe czy choroby nerek. Uniwersalność naszego warsztatu badawczego zaowocowała współpracą z wieloma zespołami badawczymi działającymi w ramach Priorytetowych Obszarów Badawczych IDUB. Dzięki doświadczeniu zatrudnionych specjalistów nasze laboratorium wzmacnia interdyscyplinarność prac naukowo-badawczych prowadzonych w GUMed oraz umożliwia współpracę z jednostkami zewnętrznymi w kraju i za granicą.

Stosowane metody badawcze
Badania w modelach in vitro
Prowadzimy badania na licznych liniach komórkowych pierwotnych i wtórnych. Posiadamy 2 niezależne inkubatory, z których jeden posiada możliwość regulacji poziomu tlenu i uzyskanie warunków hipoksji.

Pracownia badań in vitro

Pracownia badań in vitro

Badania z użyciem technik biologii molekularnej
Badanie ekspresji genów na poziomie mRNA
Badania są wykonywane techniką Real-time RT-PCR. RNA jest izolowane z tkanek lub komórek hodowanych in vitro. Następnie, szczególnie w przypadku materiału klinicznego, jakość wyizolowanego RNA jest weryfikowana metodą elektroforezy kapilarnej (Experion – BioRad).

Termocykler od badań metodą Real-time RT-PCR

Badanie ekspresji genów na poziomie białka
Badania wykonujemy metodą Western Blotting z użyciem systemu do detekcji chemoluminescencji Chemi-Doc (BioRad).

Aparat do detekcji chemiluminescencji Chemi-Doc

Istnieje również możliwość wykonania takich badań we współpracy z Katedrą Cytologii i Embriologii Roślin Wydziału Biologii Uniwersytetu Gdańskiego, metodami immunohistochemicznymi, które pozwalają na zobrazowanie zmian w rozmieszczeniu badanych białek w tkankach, a także metodą ImmunoGold z wykorzystaniem mikroskopii elektronowej, która pozwolą na precyzyjną lokalizację badanych białek.

Aparatura do badań białek metodą ImmunoGold

Badania z użyciem zaawansowanych technik analitycznych
Chromatografia gazowa sprzężona ze spektrometrią mas (GC-MS)
GC-MS jest świetną techniką do oznaczania niskocząsteczkowych związków, którymi są m.in. kwasy tłuszczowe, stanowiące podstawowy element strukturalny każdej żywej komórki. Dzięki tej technice oznaczamy profil ponad 70 kwasów tłuszczowych w matrycach takich jak komórki, biofluidy, tkanki zwierzęce i ludzkie.

Analiza kwasów tłuszczowych metodą chromatografii gazowej sprzężonej ze spektrometrią mas

W ostatnim czasie, dzięki dofinansowaniu ze środków IDUB, został zakupiony nowy chroatograf gazowy sprzężony ze spektrometrem masowym, pozwalający na jeszcze dokładniejsze analizy.

Nowy chromatograf gazowy sprzężony ze spektrometrem mas

Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego (spektroskopia NMR)
We współpracy z Pracownią Biochemii Strukturalnej Wydziału Chemii Uniwersytetu Gdańskiego wykorzystujemy metodę NMR do określania różnych grup lipidowych wchodzących w skład błon komórkowych i innych organelli.

Badania lipidów z zastosowaniem spektroskopii jądrowego rezonansu magnetycznego (NMR)

Tandemowa spektrometria mas sprzężona ze chromatografią cieczową (LC-MSn)
Te same grupy lipidowe, jednak z większą precyzją pozwalającą na określenie konkretnych przedstawicieli danej grupy, stosując „nietargetowe” podejście, możemy oznaczyć techniką LC-MSn We współpracy z Katedrą i Zakładem Biochemii Wydziału Lekarskiego GUMed. Oczywiście, istnieje także możliwość celowanej analizy lipidów. Spektrometria mas jest wyspecjalizowaną techniką analityczną pozwalającą na dokładne określenie masy badanego związku, jego budowy strukturalnej jak również ilości w badanym materiale. Podobnie jak w przypadku GC-MS jako matryce wykorzystujemy materiał zwierzęcy, ludzki i komórkowy.

Badania metodą chromatografii cieczowej sprzężonej ze spektrometrią mas

Dotychczasowa współpraca w badaniach zaburzeń metabolicznych:
• Department of Experimental Biomedicine and Clinical Neurosciences, University of Palermo and Euro Mediterranean Institute of Science and Technology Palermo; Włochy
• Department of Nutrition, Exercise and Sports, University of Copenhagen; Dania
• Medical Epidemiology and Biostatistics (MEB), Karolinska Institutet; Szwecja
• Biomedical Research Institute of Murcia, Hiszpania
• Wydział Chemii Uniwersytetu Gdańskiego (Katedra Analizy Środowiska)
• Warszawski Uniwersytet Medyczny (Wydział Biologii)
• Instytut Biochemii i Biofizyki PAN (Pracownia Sekwencjonowania DNA i Syntezy Oligonukleotydów)
• Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego
• Instytut Matki i Dziecka w Warszawie (Zakład Genetyki Medycznej)
• Akademia Wychowania Fizycznego w Gdańsku

Jednostki GUMed:
• Katedra i Klinika Nefrologii, Transplantologii i Chorób Wewnętrznych
• Klinika Chirurgii Ogólnej, Endokrynologicznej i Transplantacyjnej
• Katedra i Zakład Biochemii
• Klinika Chirurgii Onkologicznej
• Katedra i Klinika Ginekologii, Ginekologii Onkologicznej i Endokrynologii Ginekologicznej
• Klinika Kardiochirurgii i Chirurgii Naczyniowej
• Katedra i Klinika Chorób Wewnętrznych, Chorób Tkanki Łącznej i Geriatrii
• Katedra Nadciśnienia Tętniczego i Diabetologii
• Centrum Medycyny Translacyjnej
• Zakład Bioenergetyki i Fizjologii Wysiłku Fizycznego
• Zakład Chemii Klinicznej
• Katedra i Zakład Medycyny Sądowej
• Katedra i Klinika Neurochirurgii

Cennik: Laboratorium będzie realizować badania według indywidualnych projektów zarówno w ramach działalności usługowej, jak i współuczestnictwa w projekcie naukowo-badawczym. Wyceny wykonania analizy dokonujemy indywidualnie w dostosowaniu do konkretnego projektu.

Osoby do kontaktu
Badania z użyciem technik biologii molekularnej
dr Elżbieta Sokół
Katedra i Zakład Biochemii Farmaceutycznej
Wydział Farmaceutyczny Gdański Uniwersytet Medyczny
ul. Dębinki 1, 80-211 Gdańsk
tel: +48 58 349 1479
alicja.sztendel@gumed.edu.pl

Badania z użyciem zaawansowanych technik analitycznych
Dr hab. Adriana Mika, prof. uczelni
Katedra i Zakład Biochemii Farmaceutycznej
Wydział Farmaceutyczny Gdański Uniwersytet Medyczny
tel: +48 58 523 51 90
adriana.mika@gumed.edu.pl