• Obserwacyjno-zakaźny
  - zakażenia bakteryjne ogólnoustrojowe (posocznica)
  - zakażenia OUN (zapalenia mózgu i/lub opon mózgowo-rdzeniowych o etiologii wirusowej lub bakteryjnej)
  - choroby zakaźne żołądka i jelit (biegunki zakaźne)
  - wirusowe choroby zakaźne (odra, ospa wietrzna i półpasiec, różyczka, mononukleoza zakaźna i inne)
  - zakażenia bakteryjne skóry i tkanki podskórnej

Najczęściej leczone jednostki chorobowe:
salmonellozy, róża, półpasiec, psocznica, wirusowe zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, ropne zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i/lub mózgu, wirusowe zapalenie mózgu, borelioza z Lyme, i inne …

HIV/AIDS – diagnostyka i leczenie zakażenia HIV – leczenie AIDS Najczęściej leczone jednostki chorobowe: Pneumocystis carinii pneumonia (PCP), bakteryjne zapalenie płuc, grzybica przełyku, toxoplazmoza mózgu, gruźlica, posocznica, mykobakterioza, cryptokokoza, cytomegalowirusowe zapalenie siatkówki (CMVR) i inne …

• Hepatologiczny
  - wirusowe zapalenia wątroby (HAV, HBV, HCV i inne)
  - autoimmunologiczne zapalenia wątroby (AIH)
  - choroby nowotworowe wątroby (HCC i inne)
  - inne, niezakaźne choroby wątroby (FNH i inne)

Najczęściej leczone jednostki chorobowe:
przewlekłe wirusowe zapalenie wątroby wywołane HBV lub HCV, ostre wirusowe zapalenie wątroby wywołane HAV, HBV, HCV, marskość wątroby z nadciśnieniem wrotnym i/lub encefalopatią wątrobową i/lub krwawieniem z przewodu pokarmowego, autoimmunologiczne zapalenie wątroby, marskość żółciowa pierwotna, rak wątrobowokomórkowy, i inne …

Od 2014 roku Klinika Chorób Zakaźnych nie dysponuje Oddziałem Intensywnej Terapii.